根据《科技部财政部国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定办法〉的通知》(国办发[2008]172号)的规定，高新技术企业申请认定的程序如下：
一、高新企业认定条件评判标准办理流程
高新技术企业认定即符合国家规定的条件的高新技术领域内的企业申请国家高新技术企业认定的行为。
在《国家重点支持的高新技术领域》(见附件)内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内(不包括港、澳、台地区)注册一年以上的居民企业。
认定机构
各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构(以下称"认定机构")，根据本办法开展下列工作：
(一)负责本行政区域内的高新技术企业认定工作；
(二)接受企业提出的高新技术企业资格复审；
(三)负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报；
(四)选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。
二、高新企业认定条件
(一)在中国境内(不含港、澳、台地区)注册的企业，近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权；
(二)产品(服务)属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
(三)具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上；
(四)企业为获得科学技术(不包括人文、社会科学)新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品(服务)而持续进行了研究开发活动，且近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合如下要求：
1.最近一年销售收入小于5,000万元的企业，比例不低于6%;
2.最近一年销售收入在5,000万元至20,000万元的企业，比例不低于4%;
3.最近一年销售收入在20,000万元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。企业注册成立时间不足三年的，按实际经营年限计算；
(五)高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入的60%以上；
(六)企业研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》(另行制定)的要求。
三、高新企业评分标准
1、核心自主知识产权30分
2、科技成果转化能力30分
3、研究开发的组织管理水平20分
认定意义促进企业科技转型
创新是企业发展的根本动力，高新技术企业认定政策是一项引导政策，目的是引导企业调整产业结构，走自主创新、持续创新的发展道路，激发企业自主创新的热情，提高科技创新能力。
提升企业品牌形象
说明负责人具备较强的创新意识、较高的市场开拓能力和经营管理水平。说明企业是国家重点支持的具有高成长性的企业，具有较好的潜在经济效益。
享受税收减免优惠政策
经认定的高新技术企业，可执行15%(认定前25%)的优惠税率，税率降低10个点，税额减少40%。
提高企业市场价值
证明企业在本领域中具有较强的技术创新能力、高端技术开发能力，有利于企业开拓国内外市场；是企业投标时的重要条件。
提高企业资本价值
高新技术企业是吸引地方政府、行业组织对企业实施优惠政策和资金扶持的重要条件，也更具有吸引风险投资机构和金融机构的实力，从而推动企业快速投入到产业化经营中去。
(一)企业自我评价及申请。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，对照办法第十条规定条件，进行自我评价。认为符合认定条件的，企业可向认定机构提出认定申请。
(二)提交下列申请材料：
1.高新技术企业认定申请书；
2.企业营业执照副本、税务登记证(复印件);
3.知识产权证书(独占许可合同)、生产批文，新产品或新技术证明(查新)材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料；
4.企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明；
5.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表(实际年限不足三年的按实际经营年限)，并附研究开发活动说明材料；
6.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限)以及技术性收入的情况表。
高新技术企业认定的步骤有哪些
（1）企业进行自我评价。企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，客观进行自我评价。认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记。（2）进行网上注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构。认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业。（3）企业提交认定申请。企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写“高新技术企业认定申请书”发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构。（4）认定机构组织认定。认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，提出认定意见，确定认定企业名单。（5）公示和颁发认定证书。经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，报领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。