司法鉴定机构包括的是最高人民检察院的司法鉴定中心、公安部门的物证鉴定中心、以及各省级公安局司法鉴定中心等。司法鉴定机构申请的方式有当事人委托、受理、初次鉴定、重新鉴定、出具鉴定文书等。
法律常识：
国家级十大司法鉴定中心：最高人民检察院司法鉴定中心，公安部物证鉴定中心，北京市公安司法鉴定中心，上海市公安司法鉴定中心，广东省公安司法鉴定中心，北京市国家安全局司法鉴定中心，司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心，法大法庭科学技术鉴定研究所，中山大学法医鉴定中心，西南政法大学司法鉴定中心。
法律依据
中央政法委员会《关于进一步完善司法鉴定管理体制遴选国家级司法鉴定机构的意见》（政法〔2008〕2号）第七条国家级司法鉴定机构应当符合下列基本条件：（一）经司法行政机关审核登记或者备案登记；（二）依法通过实验室认可或者检查机构认可；（三）具备从事重大疑难和特殊复杂鉴定检案的能力，具有研发和采用新方法、新技术的技术创新能力；（四）具有高素质专家型的鉴定人队伍，人员结构合理，人数达到一定规模；（五）内部规章制度健全，鉴定质量管理体系完善，鉴定工作管理制度完备；（六）具有先进、可靠的检测、检查设备和设施，工作场所、工作环境符合相关标准和规范的要求；（七）具有满足鉴定工作需要的充足的运行费和设备更新费用；（八）近10年内，司法鉴定机构及所属鉴定人没有因主观故意出具虚假鉴定意见等违法违纪行为，受到法律追究或者纪律处分的情形。
司法鉴定机构包括的是最高人民检察院司法鉴定中心、公安部物证鉴定中心、北京市公安司法鉴定中心、上海市公安司法鉴定中心、广东省公安司法鉴定中心、北京市国家安全局司法鉴定中心、司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心、法大法庭科学技术鉴定研究所、中山大学法医鉴定中心和西南政法大学司法鉴定中心。
《司法鉴定程序通则》第十一条，司法鉴定机构应当统一受理办案机关的司法鉴定委托。
司法鉴定机构申请方式如下：
1.委托。司法鉴定机构和社会专业司法鉴定人接受司法机关或当事人的委托。
2.受理。司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出受理、不受理的决定：
3.初次鉴定。鉴定机构受理案件后，应当指派具有社会专业司法鉴定资格的人员承担鉴定工作。
4.发现新的相关鉴定材料或是原鉴定项目有遗漏，司法鉴定机构可以接受委托，进行补充鉴定。
5. m.1mi.net 有些情行下是需要重新鉴定或复核的，司法鉴定机构可接受委托进行。
6.出具鉴定文书，鉴定结束。
主要职责有：
1.负责司法鉴定机构的设立、登记、变更登记、注销登记、履行对司法鉴定机构实施年度检验、行政处罚等职责。
2.负责组织在司法鉴定机构中从业人员职业资格的培训、考试、考核及职业资格证书、执业证书的申报颁发。
3.司法鉴定机构必须通过司法行政机关登记、审批，取得司法鉴定许可证后，方可从事面向社会服务的司法鉴定活动，未经登记管理机关登记、审批，任何单位不得从事面向社会服务的司法鉴定活动。
法律常识：
司法鉴定机构有：最高人民检察院司法鉴定中心、公安部物证鉴定中心、北京市公安司法鉴定中心、上海市公安司法鉴定中心、广东省公安司法鉴定中心、北京市国家安全局司法鉴定中心、司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心、法大法庭科学技术鉴定研究所、中山大学法医鉴定中心和西南政法大学司法鉴定中心。
法律依据
《司法鉴定程序通则》第十一条
司法鉴定机构应当统一受理办案机关的司法鉴定委托。
第十二条
委托人委托鉴定的，应当向司法鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责。司法鉴定机构应当核对并记录鉴定材料的名称、种类、数量、性状、保存状况、收到时间等。
诉讼当事人对鉴定材料有异议的，应当向委托人提出。
本通则所称鉴定材料包括生物检材和非生物检材、比对样本材料以及其他与鉴定事项有关的鉴定资料。