专利侵权处理流程是掌握证据后向侵权者发送警告函等。专利侵权诉讼时效是三年，自当事人知道或者应当知道自身权益遭受损害之日起开始计算，超过二十年的法院不予保护。
法律常识：
专利权侵权一般由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。而侵犯专利权的赔偿数额，首先按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；其次实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。如果权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。
法律依据
我国《专利法》的规定如下：
第六十条 未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。
第六十三条 假冒专利的，除依法承担民事责任外，由管理专利工作的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以并处违法所得四倍以下的罚款； 没有违法所得的，可以处二十万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第六十四条 管理专利工作的部门根据已经取得的证据，对涉嫌假冒专利行为进行查处时，可以询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况； 对当事人涉嫌违法行为的场所实施现场检查；查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；检查与涉嫌违法行为有关的 产品，对有证据证明是假冒专利的产品，可以查封或者扣押。管理专利工作的部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。
第六十五条 侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。 权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付 的合理开支。权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。
法律常识：
侵犯专利权的行为怎么去处理？以假冒专利为表现形式的侵犯专利权为例，《专利法》第六十八条规定，由负责专利执法的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以处违法所得五倍以下的罚款。没有违法所得或违法所得在五万元以下的，可以处二十五万元以下的罚款。构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《专利法》第十一条第二款的规定，外观设计专利权被授予后，任何单位或个人未经专利权人许可，都不得实施其专利，即不得为生产经营目的制造、许诺销售、销售、进口其外观设计专利产品。
法律依据
《中华人民共和国专利法》 第十一条
第二款、六十八条
一、专利纠纷侵权的解决方式有哪些？
（一）当事人协商解决。专利侵权纠纷是民事纠纷，由当事人自行协商解决，有利于平息纷争，化解矛盾。
（二）行政处理。由管理专利工作的部门处理专利侵权纠纷是实现专利权保护的重要途径。
（三）司法解决。所谓专利权纠纷的司法解决是指为了有效地对侵犯专利权行为予以制裁，给权利人以适当的补救，维护市场秩序，司法机关给予专利权人以必要的司法救济。
（四）诉前临时措施。是指在诉讼开始之前，为制止正在实施或即将实施的侵权行为所采取的措施。
《专利法》第57条专利管理机关处理侵权纠纷时，有权认定侵权行为是否成立；认定侵权行为成立的，有权责令侵权人立即停止侵权。对专利管理机关的处理决定，当事人不服的，可以在收到处理通知之日起15天内向法院提起行政诉讼。侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，专利管理机关可以申请人民法院强制执行。
《专利法》第六十条未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。
二、假冒专利和专利侵权有什么区别？
虽然假冒他人专利与专利侵权都是违法行为，但它们之间是有区别的，主要表现两个方面：
第一专利侵权是指未经专利权人许可实施其专利的行为，关键在于侵权人实施了专利权人的专利。而假冒他人专利主要是指使用他人专利标记或者专利号的行为，并不涉及对专利权人专利的实施。专利侵权行为侵犯了专利权人的合法民事权益，行为人应当承担民事责任。专利行政机关可以应当事人的请求，就侵犯专利权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼，当然，当事人也可以直接向人民法院起诉。
专利侵权纠纷主要通过民事途径解决，专利管理机关只能在认定侵权行为成立时，作出责令侵权人停止侵权行为的行政决定。假冒他人专利行为一方面直接影响了被假冒的专利权人信誉，损害了专利权人的利益，属于民事侵权行为，行为人应当承担民事责任。假冒他人专利行为情节严重的，还可能涉嫌假冒专利罪，要被追究刑事责任。
法律依据：《中华人民共和国商标法》第六十条有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
假冒专利和专利侵权的区别主要在于专利侵权之后指承担民事责任，但是假冒专利不仅要承担民事责任同时还有可能会承担刑事责任的。假冒专利可能构成假冒专利罪。